La Fundación San Francisco de Borja se constituye en febrero de 1996, como continuadora de la labor que venía realizando la asociación del mismo nombre desde el año 1980.

La administración y el gobierno de la Fundación corresponde al Patronato El patronato actualmente está formado por veinticuatro personas que, fieles al compromiso de los fundadores, mantienen un esfuerzo permanente por devolver y asegurar la dignidad de cada uno de nuestros usuarios de los distintos servicios y programas, asegurando los recursos y apoyos que les ayuden a alcanzar metas personales valoradas y, en definitiva, a ser felices.

Los miembros de Patronato son personas y/o Entidades que por sus méritos y dedicación a la Fundación y a la consecución de sus fines, han sido declarados como tales por acuerdo de la Junta General del Patronato.